في 14 يونيو 2004، نجح مسؤولو الأهلي، بعد عامين من المفاوضات، في التعاقد مع محمد بركات، لاعب العربي القطري. بدأت مسيرة بركات مع نادي السكة الحديد في عام 1996، ثم انتقل إلى الإسماعيلي عام 1998 واستمر معه حتى عام 2002، عندما انضم إلى أهلي جدة السعودي ولعب معه موسم 2002-2003. بعدها انتقل إلى العربي القطري في موسم 2003-2004، ليأتي إلى الأهلي منذ موسم 2004-2005 حتى اعتزاله كرة القدم في 12 يونيو 2013، بعد مسيرة حافلة استمرت أكثر من 20 عامًا.
عند انتقال بركات إلى الأهلي، انتشرت شائعات تفيد بأن الفريق الأحمر تعاقد مع لاعب انتهت صلاحيته، لكنها لم تؤثر على مستواه داخل الملعب. حيث تألق بركات بشكل لافت في موسمه الأول، وقاد الفريق للفوز بالدوري دون هزيمة، محققًا عددًا تاريخيًا من النقاط، وكون مع النجمين تريكة ومتعب مثلث قوة هجومية. كما ساهم في فوز الأهلي بدوري أبطال أفريقيا 2005، وكان هدافًا لهذه البطولة برصيد 6 أهداف. حاز على لقب أفضل لاعب أفريقي من هيئة الإذاعة البريطانية (BBC) في العام نفسه، وأُدرج في التشكيلة الأساسية لمنتخب أفريقيا بعد فوز مصر بكأس الأمم الأفريقية 2006.
خلال فترة وجوده مع الأهلي، حقق بركات العديد من الألقاب، منها 7 بطولات دوري منذ موسم 2004-2005 حتى موسم 2010-2011، بالإضافة إلى بطولات السوبر المحلية، وكأس مصر مرتين، ودوري أبطال أفريقيا 4 مرات، وكأس السوبر الأفريقي 4 مرات.
اعتزل محمد بركات اللعب دوليًا بعد عدم تأهل منتخب مصر إلى نهائيات كأس العالم في جنوب أفريقيا 2010، رغم محاولات المدربين حسن شحاتة وبوب برادلي لإقناعه بالعودة، لكنه تمسك بقراره. ويُعتبر بركات أول لاعب مصري يحصل على جائزة أفضل لاعب أفريقي من هيئة الإذاعة البريطانية في 2005، بالإضافة إلى حصوله على جوائز أفضل لاعب في الدوري المصري وأفضل لاعب أفريقي في استفتاءات مختلفة.